NGS, QF-PCR, a może klasyczna analiza kariotypu? Która metoda lepsza
w badaniu przyczyn poronienia?

Dzię­ki badan­iom gene­ty­cznym w wielu przy­pad­kach jesteśmy w stanie szy­bko ustal­ić powód utraty ciąży. Może­my w tym celu sięgnąć po różne metody
anal­izy – NGS, QF-PCR, metodę mikro­macierzy, FISH albo klasy­czną cyto­gene­tykę. Każ­da z tych tech­nik jest inna. A czy o które­jś moż­na powiedzieć,
że jest lep­sza od pozostałych?

 

Klasyczne badanie kariotypu – „złoty” standard w diagnostyce przyczyn poronienia

 

Anal­iza kar­i­o­ty­pu obo­j­ga part­nerów jest pod­sta­wowym badaniem, jakie zale­ca się wszys­tkim parom po poronieni­ach. Za jego pomocą moż­na wyk­luczyć
lub potwierdz­ić obec­ność niepraw­idłowoś­ci
w chro­mo­so­mach, np. tak zwanej translokacji zrównoważonej, która może utrud­nić kobiecie donosze­nie ciąży.

 

Kar­i­o­typ sprawdza się również w mate­ri­ale poron­nym, zwłaszcza jeśli u rodz­iców jest on praw­idłowy. Pozwala to stwierdz­ić, czy przy­czyną poronienia był jak­iś defekt w kar­i­o­typ­ie zarodka/ pło­du. Dzię­ki temu bada­niu może­my bard­zo dokład­nie przyjrzeć się wszys­tkim chro­mo­so­mom dziec­ka i wych­wycić ewen­tu­alne błędy w ich licz­bie czy struk­turze. Szukanie przy­czyny poronienia metodą klasy­cznej cyto­gene­ty­ki ma jed­nak pewną dość istot­ną wadę. Wyma­ga hodowli komórkowej, co znacznie wydłuża czas trwa­nia anal­izy. Poza tym nie zawsze uda­je się wyhodować wystar­cza­jącą ilość mate­ri­ału albo jest on zbyt niskiej
jakoś­ci.

 

Metoda QF-PCR — nawet 5-krotnie szybsza i 4-krotnie tańsza od NGS

 

Jest tak, ponieważ nie uwzględ­nia się w niej wszys­t­kich chro­mo­somów oraz nie przeprowadza hodowli komórek, tak jak przy wspom­ni­anym już bada­niu kar­i­o­ty­pu. Do anal­izy wybranych zosta­je kilka­dziesiąt mark­erów gene­ty­cznych, położonych na chro­mo­so­mach X, Y, 13, 15, 16, 18, 21 i 22. To właśnie niepraw­idłowoś­ci w obrę­bie tych chro­mo­somów są najczęst­szą przy­czyną utraty ciąży.

 

Fakt, że w bada­niu gene­ty­cznym prowad­zonym metodą QF-PCR nie anal­izu­je się wszys­t­kich chro­mo­somów, a te odpowiedzialne za więk­szość poronień, spraw­ia, że czas oczeki­wa­nia na wynik moż­na skró­cić nawet do kilku dni roboczych! Dzię­ki temu rodz­ice szy­b­ciej dowiadu­ją się, co było przy­czyną poronienia i tym samym szy­b­ciej wraca­ją do psy­chicznej równowa­gi.

 

FISH – badanie cytogenetyczne, które nie wymaga hodowli komórek

FISH, czyli flu­o­res­cen­cyj­na hybry­dyza­c­ja in situ (ang. Flu­o­res­cent in situ hybridiza­tion) jest tech­niką cyto­gene­ty­czną pozwala­ją­ca na szy­bkie wykrycie najczęst­szych niepraw­idłowoś­ci w chro­mo­so­mach.

 

W metodzie FISH sto­su­je się spec­jalne moleku­larne sondy flu­o­roscen­cyjne. Są to sek­wenc­je DNA wyz­nakowane bar­wnika­mi flu­o­res­cen­cyjny­mi, kom­ple­men­tarne do anal­i­zowanej sek­wencji. Dzię­ki właś­ci­woś­ciom bar­wników flu­o­res­cen­cyjny­mi, kom­ple­men­tarne do anal­i­zowanej sek­wencji. Dzię­ki właś­ci­woś­ciom bar­wników flu­o­res­cen­cyjnych, które świecą po pobudze­niu światłem o określonej dłu­goś­ci fali możli­wa jest wiz­ual­iza­c­ja ewen­tu­al­nych zmi­an. Tak „podświ­et­lone” chro­mo­somy oglą­da się potem pod spec­jal­nym mikroskopem flu­o­res­cen­cyjnym i szu­ka w nich niepraw­idłowoś­ci.

 

Przeprowadza­jąc badanie gene­ty­czne metodą FISH lab­o­ran­ci nie muszą hodować komórek – co stanowi jej niewąt­pli­wą zaletę. Sondy moleku­larne zna­j­du­ją jed­nak zas­tosowanie w wykry­wa­niu tylko najczęst­szych aber­racji chro­mo­so­mowych.

Badanie kariotypu metodą mikromacierzy — pionierska metoda analizy DNA

 

Za jej pomocą może­my uzyskać wynik o dużo wyższej rozdziel­czoś­ci niż przy uży­ciu klasy­cznego bada­nia kar­i­o­ty­pu czy FISH. Mikro­macierz DNA to zro­biona ze szkła lub plas­tiku niewiel­ka płyt­ka (wyglą­dem przy­pom­i­na szkiełko mikroskopowe). Na powierzch­ni tej płyt­ki rozlokowane są maleńkie pola, które odpowiada­ją konkret­nym sek­wencjom DNA. To wspom­ni­ane już sondy moleku­larne, których zadaniem jest wych­wyce­nie wszel­kich niepraw­idłowoś­ci w mate­ri­ale gene­ty­cznym.

 

Sekwencjonowanie Nowej Generacji – pozwala przebadać cały ludzki genom

 

Sek­wencjonowanie nowej gen­er­acji (ang. Next — Gen­er­a­tion Sequenc­ing, NGS) nadało badan­iom gene­ty­cznym nową, lep­szą jakość. Dzię­ki tej metodzie sek­wencjonowa­nia testy gene­ty­czne stały się na pewno bardziej kom­plek­sowe. Dlaczego? Wraz z pojaw­ie­niem się NGS zyskaliśmy przede wszys­tkim możli­wość prze­bada­nia wszys­t­kich chro­mo­somów jed­nocześnie, a co za tym idzie całego ludzkiego geno­mu. W dodatku pod­czas sek­wencjonowa­nia nowej gen­er­acji każdy chro­mo­som sprawdzany jest nawet kilka­set tysię­cy razy.

 

Dokład­ność tej metody anal­izy nie idzie jed­nak w parze z szy­bkoś­cią – co stanowi jej chy­ba najwięk­szą wadę. Pon­ad­to jest to dość dro­ga meto­da bada­nia. Dlat­ego też mimo wielu zalet, nie wszyscy się na nią decy­du­ją. Tym bardziej, że anal­iza każdego chro­mo­so­mu nie zawsze jest koniecz­na.