NGS, QF-PCR, a może klasyczna analiza kariotypu? Która metoda lepsza w badaniu przyczyn poronienia?

NGS, QF-PCR, a może klasyczna analiza kariotypu? Która metoda lepsza
w badaniu przyczyn poronienia?

Dzięki badaniom genetycznym w wielu przypadkach jesteśmy w stanie szybko ustalić powód utraty ciąży. Możemy w tym celu sięgnąć po różne metody
analizy – NGS, QF-PCR, metodę mikromacierzy, FISH albo klasyczną cytogenetykę. Każda z tych technik jest inna. A czy o którejś można powiedzieć,
że jest lepsza od pozostałych?

 

Klasyczne badanie kariotypu – „złoty” standard w diagnostyce przyczyn poronienia

 

Analiza kariotypu obojga partnerów jest podstawowym badaniem, jakie zaleca się wszystkim parom po poronieniach. Za jego pomocą można wykluczyć
lub potwierdzić obecność nieprawidłowości
w chromosomach, np. tak zwanej translokacji zrównoważonej, która może utrudnić kobiecie donoszenie ciąży.

 

Kariotyp sprawdza się również w materiale poronnym, zwłaszcza jeśli u rodziców jest on prawidłowy. Pozwala to stwierdzić, czy przyczyną poronienia był jakiś defekt w kariotypie zarodka/ płodu. Dzięki temu badaniu możemy bardzo dokładnie przyjrzeć się wszystkim chromosomom dziecka i wychwycić ewentualne błędy w ich liczbie czy strukturze. Szukanie przyczyny poronienia metodą klasycznej cytogenetyki ma jednak pewną dość istotną wadę. Wymaga hodowli komórkowej, co znacznie wydłuża czas trwania analizy. Poza tym nie zawsze udaje się wyhodować wystarczającą ilość materiału albo jest on zbyt niskiej
jakości.

 

Metoda QF-PCR – nawet 5-krotnie szybsza i 4-krotnie tańsza od NGS

 

Jest tak, ponieważ nie uwzględnia się w niej wszystkich chromosomów oraz nie przeprowadza hodowli komórek, tak jak przy wspomnianym już badaniu kariotypu. Do analizy wybranych zostaje kilkadziesiąt markerów genetycznych, położonych na chromosomach X, Y, 13, 15, 16, 18, 21 i 22. To właśnie nieprawidłowości w obrębie tych chromosomów są najczęstszą przyczyną utraty ciąży.

 

Fakt, że w badaniu genetycznym prowadzonym metodą QF-PCR nie analizuje się wszystkich chromosomów, a te odpowiedzialne za większość poronień, sprawia, że czas oczekiwania na wynik można skrócić nawet do kilku dni roboczych! Dzięki temu rodzice szybciej dowiadują się, co było przyczyną poronienia i tym samym szybciej wracają do psychicznej równowagi.

 

FISH – badanie cytogenetyczne, które nie wymaga hodowli komórek

FISH, czyli fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (ang. Fluorescent in situ hybridization) jest techniką cytogenetyczną pozwalająca na szybkie wykrycie najczęstszych nieprawidłowości w chromosomach.

 

W metodzie FISH stosuje się specjalne molekularne sondy fluoroscencyjne. Są to sekwencje DNA wyznakowane barwnikami fluorescencyjnymi, komplementarne do analizowanej sekwencji. Dzięki właściwościom barwników fluorescencyjnymi, komplementarne do analizowanej sekwencji. Dzięki właściwościom barwników fluorescencyjnych, które świecą po pobudzeniu światłem o określonej długości fali możliwa jest wizualizacja ewentualnych zmian. Tak „podświetlone” chromosomy ogląda się potem pod specjalnym mikroskopem fluorescencyjnym i szuka w nich nieprawidłowości.

 

Przeprowadzając badanie genetyczne metodą FISH laboranci nie muszą hodować komórek – co stanowi jej niewątpliwą zaletę. Sondy molekularne znajdują jednak zastosowanie w wykrywaniu tylko najczęstszych aberracji chromosomowych.

Badanie kariotypu metodą mikromacierzy – pionierska metoda analizy DNA

 

Za jej pomocą możemy uzyskać wynik o dużo wyższej rozdzielczości niż przy użyciu klasycznego badania kariotypu czy FISH. Mikromacierz DNA to zrobiona ze szkła lub plastiku niewielka płytka (wyglądem przypomina szkiełko mikroskopowe). Na powierzchni tej płytki rozlokowane są maleńkie pola, które odpowiadają konkretnym sekwencjom DNA. To wspomniane już sondy molekularne, których zadaniem jest wychwycenie wszelkich nieprawidłowości w materiale genetycznym.

 

Sekwencjonowanie Nowej Generacji – pozwala przebadać cały ludzki genom

 

Sekwencjonowanie nowej generacji (ang. Next – Generation Sequencing, NGS) nadało badaniom genetycznym nową, lepszą jakość. Dzięki tej metodzie sekwencjonowania testy genetyczne stały się na pewno bardziej kompleksowe. Dlaczego? Wraz z pojawieniem się NGS zyskaliśmy przede wszystkim możliwość przebadania wszystkich chromosomów jednocześnie, a co za tym idzie całego ludzkiego genomu. W dodatku podczas sekwencjonowania nowej generacji każdy chromosom sprawdzany jest nawet kilkaset tysięcy razy.

 

Dokładność tej metody analizy nie idzie jednak w parze z szybkością – co stanowi jej chyba największą wadę. Ponadto jest to dość droga metoda badania. Dlatego też mimo wielu zalet, nie wszyscy się na nią decydują. Tym bardziej, że analiza każdego chromosomu nie zawsze jest konieczna.

Wszystkie artykuły
Back to Top