Badanie całogenomowe (WES) dla osób z padaczką

Opis

Badanie WES Premium dla pacjentów z padaczką to zaawansowane badanie genetyczne wykonywane w renomowanym laboratorium w Niemczech, które od ponad 15 lat specjalizuje się w nowoczesnej diagnostyce genetycznej. Szeroki zakres analizy pozwala dokładniej poszukiwać genetycznych przyczyn padaczki oraz innych współistniejących objawów.

Badanie polega na sekwencjonowaniu całego eksomu, czyli części genomu, w której znajduje się około 85% zmian odpowiedzialnych za choroby genetyczne. W ramach badania analizowane są również wybrane miejsca niekodujące DNA, istotne klinicznie i opisane w bazach HGMD oraz ClinVar. Dzięki temu zakres badania jest szerszy niż w standardowych analizach WES.

WES Premium dla pacjentów z padaczką obejmuje analizę ze średnim pokryciem diagnostycznym >100x:

• około 23 000 genów, czyli cały eksom,
• około 46 000 wariantów intronowych i międzygenowych opisanych jako istotne dla choroby w bazach HGMD i ClinVar,
• 100% mtDNA,
• zmiany CNV – wykrywane dzięki dodatkowym sondom; wykryte zmiany są potwierdzane metodą MLPA lub qPCR,
• zmiany SNV, małe insercje i delecje (indels) oraz CNV,
• badanie pod kątem wybranych ekspansji mutacji dynamicznych, m.in. w genach: ATXN1, ATXN2, ATXN3, CACNA1A, ATXN7, CSTB, FGF14, HTT, JPH3, NOP56, NIPA1, PABPN1 i innych.

Dodatkowo badanie obejmuje:

• analizę genów z listy ACMG – 78 genów u dorosłych lub 69 genów u dzieci,
• spersonalizowany raport farmakogenetyczny, który może pomóc lekarzowi lepiej dobrać leczenie i ocenić, które leki mogą działać słabiej, wymagać zmiany dawkowania lub wiązać się z większym ryzykiem działań niepożądanych,
• konsultację lekarską przed badaniem, która pozwala właściwie ukierunkować analizę i zwiększa wartość diagnostyczną wyniku.

Dlaczego konsultacja przed badaniem jest tak ważna?
Celem badania WES jest znalezienie konkretnej przyczyny objawów. Nie każda wykryta zmiana genetyczna ma znaczenie kliniczne, dlatego nie wszystkie zmiany powinny znaleźć się w raporcie. Uwzględnienie przypadkowych lub nieistotnych wariantów mogłoby utrudnić interpretację wyniku i wywołać niepotrzebny niepokój.

Dlatego przed badaniem lekarz przeprowadza szczegółowy wywiad medyczny i pomaga ukierunkować analizę na geny oraz obszary najbardziej istotne w danym przypadku. Dzięki temu wynik jest bardziej rzetelny, użyteczny i pomocny diagnostycznie.

Czym jest raport farmakogenetyczny?
Raport farmakogenetyczny obejmuje analizę 21 genów związanych z metabolizmem wielu leków, w tym stosowanych w leczeniu padaczki.

Każdy organizm może inaczej reagować na ten sam lek. U jednej osoby standardowa dawka będzie skuteczna, u innej działanie może być zbyt słabe, a u jeszcze innej może wzrosnąć ryzyko działań niepożądanych. Część tych różnic wynika właśnie z uwarunkowań genetycznych.

Raport farmakogenetyczny uwzględnia geny związane z metabolizmem m.in. takich leków stosowanych w padaczce jak: carbamazepine, oxcarbazepine, phenytoin, lamotrigine, brivaracetam czy clobazam.

Analizowane geny:
ABCG2, CACNA1S, CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4, CYP3A5, CYP4F2, DPYD, G6PD, HLA-A, HLA-B, IFNL3, MT-RNR1, NUDT15, RYR1, SLCO1B1, TPMT, UGT1A1, VKORC1.

Geny te mają znaczenie także w metabolizmie innych leków, w tym wybranych antybiotyków, leków przeciwbólowych czy przeciwdepresyjnych.

Pobierz przykładowy raport (przykładowy raport jest w języku angielskim, Ty otrzymasz od nas również raport w języku polskim).

Czym są geny z listy ACMG?
Podstawowym celem badania WES jest znalezienie genetycznej przyczyny objawów. Jednocześnie istnieje grupa genów, które – niezależnie od głównego wskazania do badania – mogą mieć bardzo duże znaczenie dla zdrowia pacjenta. To właśnie geny ujęte na liście opracowanej przez American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG).

Są to geny związane z chorobami, w przypadku których możliwe jest wdrożenie postępowania medycznego, profilaktyki lub leczenia mogącego zmienić przebieg choroby. Dotyczy to m.in. wybranych predyspozycji nowotworowych, chorób kardiologicznych, metabolicznych czy zaburzeń związanych z ryzykiem hipertermii złośliwej.

W ramach badania WES Premium pacjent otrzymuje również informację o wariantach wykrytych w genach z listy ACMG: 78 genów u dorosłych lub 69 genów u dzieci. To cenna informacja, która może mieć znaczenie dla dalszej profilaktyki zdrowotnej i opieki medycznej.