Co dzieje się z Państwa próbkami w testDNA Laboratorium Sp. z o.o.?

Odpowia­da ekspert – mgr Bar­bara Proku­rat, biotech­nolog, dyrek­tor ds. oper­a­cyjnych testD­NA Lab­o­ra­to­ri­um Sp. z o.o.


Po dostarczeniu próbek do laboratorium

Kiedy Państ­wa prób­ki zosta­ją dostar­c­zone do lab­o­ra­to­ri­um, są ewidencjonowane. Co to oznacza? Państ­wa zlece­nie otrzy­mu­je unika­towy numer, a każdej próbce nadawany jest indy­wid­u­al­ny numer (tzw. sam­ple ID). Przy admin­istrowa­niu zlece­ni­a­mi korzys­tamy ze spec­jal­nego, zwali­d­owanego opro­gramowa­nia, które zabez­piecza przed nadaniem tego samego numeru prób­ki czy zlece­nia, a tym samym wyk­lucza możli­wość zami­any próbek między zlece­ni­a­mi. Przestrze­ganie określonych pro­ce­dur to dla lab­o­ra­to­ri­um codzi­en­ny obow­iązek. Jed­ną z nich jest kon­tro­la pra­cy przez drugiego pra­cown­i­ka, który asys­tu­je pod­czas kluc­zowych etapów bada­nia, a także odpowia­da za praw­idłową real­iza­cję zlece­nia.

Jakie etapy przechodzą próbki w laboratorium?

.

Izo­lac­ja DNA
Wymazów­ki lub inne niety­powe mate­ri­ały w pier­wszej kole­jnoś­ci zosta­ją pod­dane pro­ce­sowi, który narusza ściany komórkowe i dzię­ki temu uzyski­wane jest DNA w czys­tej postaci. Na tym etapie wyko­rzysty­wane są odpowied­nie odczyn­ni­ki, inkubac­je próbek w wyższej tem­per­aturze oraz odwirowanie.

.

Ampli­fikac­ja DNA (reakc­ja PCR)
Ten dru­gi etap służy uzyska­niu więk­szej iloś­ci DNA, ponieważ ilość DNA otrzy­mana po etapie izo­lacji jest niewystar­cza­ją­ca do dal­szych anal­iz. Reakc­ja PCR to kopi­ar­ka DNA – niewielką ilość DNA moż­na zwielokrot­nić do poziomu potrzeb­ne­go w bada­niu. W trak­cie reakcji wyko­rzysty­wana jest zdol­ność rozłącza­nia się dwu­ni­ciowej helisy do poje­dynczych nici DNA, do których przyłącza­ją się odpowied­nie startery i enzymy, które odbu­dowu­ją nić.

 

Reakcję tę przeprowadza się w urządze­niu nazy­wanym ter­mo­cyk­lerem. Przed umieszcze­niem próbek w ter­mo­cyk­lerze przy­go­towu­je się je w odpowied­nich komorach lam­i­narnych, które zapo­b­ie­ga­ją kon­t­a­m­i­nacji, czyli zanieczyszcze­niu.

 

Do Państ­wa DNA doda­je się mix spec­jal­nych odczyn­ników, który zaw­iera m.in. znakowane startery (primery), wolne nuk­leo­ty­dy, enzym polimer­aza oraz bufor wspo­ma­ga­ją­cy cały pro­ces. Aby dwu­ni­ciowa helisa mogła się rozdzielić do poje­dynczych nici, pod­wyższa się tem­per­aturę w ter­mo­cyk­lerze do tem­per­atu­ry 96°C. Jest to tzw. denat­u­rac­ja DNA. Przy niższej tem­per­aturze, 59°C, do jed­non­i­ciowego DNA przyłącza­ją się startery, które rozpoczy­na­ją odbu­dowanie nici. Odbu­dowanie nici, czyli jej wydłużanie (elon­gac­ja), zachodzi w tem­per­aturze 72°C i jest możli­wie dzię­ki enzy­mowi polimer­a­zie, która poma­ga połączyć się wol­nym nuk­leo­ty­dom dostęp­nym w przy­go­towanej wcześniej mieszaninie reak­cyjnej. Taki cykl pow­tarzany jest w ter­mo­cyk­lerze ok. 30 razy.

 

Reakc­ja PCR jest bard­zo wrażli­wym pro­ce­sem. Istot­ny jest dobór odpowied­nich tem­per­atur, odczyn­ników, sprawność tech­nicz­na samego ter­mo­cyk­lera, a także jakość prób­ki. Walidu­jąc, czyli potwierdza­jąc gotowość pro­ce­dury badaw­czej do wyko­rzys­ta­nia jej do badań ojcost­wa, lab­o­ra­to­ri­um dokład­nie przetestowało warun­ki reakcji, sprawność dzi­ała­nia ter­mo­cyk­lera w stop­niu gwaran­tu­ją­cym Państ­wu praw­idłowy jej prze­bieg.

.

Rozdzi­ał elek­tro­fore­ty­czny DNA
Ten etap bada­nia jest możli­wy do real­iza­cji w urządzeni­ach potocznie nazy­wanych sek­we­na­tora­mi. W cza­sie elek­tro­forezy cząstecz­ki DNA, obdar­zone ładunkiem ujem­nym, wędru­ją w kierunku elek­trody o prze­ci­wnym znaku. Frag­men­ty o różnym ksz­tał­cie i wielkoś­ci migru­ją z różną pręd­koś­cią (zasa­da jest taka, że mniejsze frag­men­ty DNA migru­ją szy­b­ciej wzdłuż kapi­lary).

 

W pewnym momen­cie następu­je detekc­ja frag­men­tów DNA przy wyko­rzys­ta­niu lasera zamon­towanego w sek­we­na­torze. Detekc­ja jest możli­wa m.in. dzię­ki temu, że do Państ­wa prób­ki na etapie ampli­fikacji dodano znakowane primery, które w rozdziale elek­tro­fore­ty­cznym, potocznie określa­jąc, świecą. Na tym etapie lab­o­ra­to­ri­um jest w stanie ocenić jakość Państ­wa prób­ki.

 

Dane z rozdzi­ału elek­tro­fore­ty­cznego anal­i­zowane są następ­nie przez spec­jalne opro­gramowanie Gen­emap­per, które pozwala na odczy­tanie wartoś­ci alleli w poszczegól­nych mark­er­ach. Na etapie obrób­ki danych w Gen­emap­perze widoczny jest już Państ­wa kom­plet­ny pro­fil gene­ty­czny.

.

Anal­iza statysty­cz­na
Dane po rozdziale elek­tro­fore­ty­cznym są wyko­rzysty­wane do obliczenia praw­dopodobieńst­wa ojcost­wa w danym przy­pad­ku. Jest to bard­zo istot­ny etap bada­nia, ponieważ pozwala ustal­ić, czy praw­dopodobieńst­wo ojcost­wa jest na tyle wysok­ie, że moż­na wydawać wynik graniczą­cy z pewnoś­cią.

 

Według zale­ceń Pol­skiego Towarzyst­wa Medy­cyny Sądowej i Krymi­nologii wiary­godne wyni­ki potwierdza­jące ojcost­wo powin­ny mieć ustalone praw­dopodobieńst­wo na poziomie co najm­niej 99,9999%. W sytu­acji, kiedy praw­dopodobieńst­wo jest mniejsze niż 99,9999%, zale­ca się zwyk­le włącze­nie do bada­nia mat­ki lub zwięk­sze­nie licz­by badanych mark­erów.

 

W testD­NA lab­o­ra­to­ri­um Sp.z o.o. wyko­rzys­tu­je się anal­izę aż 24 mark­erów gene­ty­cznych, stąd prak­ty­cznie w każdym przy­pad­ku uzyski­wane jest praw­dopodobieńst­wo co najm­niej 99,9999%  – nawet wtedy, kiedy badamy tylko ojca i dziecko. Jeśli w bada­niu dany mężczyz­na został wyk­luc­zony jako bio­log­iczny ojciec, lab­o­ra­to­ri­um ma obow­iązek powtórzyć badanie od początku na pod­staw­ie nowej prób­ki, a anal­iza jest prowad­zona przez innego pra­cown­i­ka.

.

Wys­taw­ie­nie wyniku bada­nia
W tym przy­pad­ku lab­o­ra­to­ri­um również korzys­ta z autorskiego opro­gramowa­nia, które automaty­cznie generu­je raport, zmniejsza­jąc zde­cy­dowanie ryzyko wys­tąpi­enia błę­du ludzkiego. Raport zawsze jest opra­cowywany i auto­ry­zowany przez 2 oso­by. Auto­ryza­cji wyników mogą dokony­wać tylko pra­cown­i­cy posi­ada­ją­cy odpowied­nie upoważnie­nie.

 

mgr Bar­bara Proku­rat  z zawodu biotech­nolog. Stu­dia ukończyła w 2003 r. na Uni­w­er­syte­cie Wrocławskim ze spec­jal­iza­cją Gene­ty­ka Moleku­lar­na. Od 2012 r. pełni również rolę biegłego sądowego z zakre­su usta­la­nia ojcost­wa i pokrewieńst­wa bio­log­icznego w okręgu Sądu Okrę­gowego w Katow­icach. Reg­u­larnie opra­cowu­je eksper­tyzy na zlece­nie pol­s­kich sądów i proku­ratu­ry oraz policji.

 

Obec­nie zaj­mu­je stanowisko dyrek­to­ra ds. oper­a­cyjnych, nad­zoru­jąc uczest­nict­wo w wielu między­nar­o­dowych pro­gra­mach kon­troli jakoś­ci badań wykony­wanych przez testD­NA Lab­o­ra­to­ri­um Sp. z o.o. Jest także pełnomoc­nikiem zarzą­du obe­j­mu­ją­cym swoim zakre­sem przy­go­towanie i nadzór nad wdroże­niem Sys­te­mu Zarządza­nia Jakoś­cią wg normy PN-EN ISO/IEC 17025, reg­u­lu­jącej pracę lab­o­ra­toriów badaw­czych.

 


Bezpłat­na roz­mowa Gwaran­tu­je­my indy­wid­u­alne pode­jś­cie do każdego pac­jen­ta
Pomoc 7 dni w tygod­niu: Pon-pt: 7:00 — 22:00 Week­endy i świę­ta: 9:00 — 21:00

mgr Aleksandra Kłudkowska

mgr Alek­san­dra Kłud­kows­ka

mgr Joanna Musiał

mgr Joan­na Musi­ał

mgr Emilia Mazur

mgr Emil­ia Mazur

mgr Klaudia Müller

mgr Klau­dia Müller

mgr Ewelina Czernachowska

mgr Eweli­na Czer­na­chows­ka

mgr Ewa Przeliorz

mgr Ewa Prze­liorz